En julio de 1979, la insurrección de amplios sectores de la población nicaragüense liderados por el Frente Sandinista de Liberación Nacional, da al traste con la dictadura militar somocista, iniciándose para el país una época de profundas transformaciones.
Con los cambios en el orden social, cultural y jurídico producto de la Revolución Sandinista, el modelo académico de la universidad desarrollista, en boga desde inicios de los años sesenta, entra en crisis, dando lugar a un nuevo tipo de universidad, el que para los propósitos de esta revisión histórica podríamos llamar estatista y popular. Estatista en tanto la universidad asumió las mismas características del Estado y el proceso revolucionario perdiendo su carácter de institución autónoma, y popular por el carácter y composición clasista de la matrícula, abierta a los sectores populares empobrecidos de la sociedad nicaragüense. Para alcanzar este propósito fue que se crearon en la Unan de León y Managua las llamadas Facultades Preparatorias, cuya matrícula estaba integrada por estudiantes de secundaria de origen campesino, que al egresar continuaban sus carreras universitarias en estas casas de estudio.
El gobierno revolucionario creó el Consejo Nacional de la Educación Superior (CNES), una especie de Ministerio de la Educación Superior, común en esa época en los países socialistas, cuyo ministro era nombrado por el presidente de la República, y éste a su vez nombraba a los rectores de las universidades y Centros de Educación Técnica Superior. Al CNES pertenecieron no solo las universidades públicas que se crearon en el período, sino que también universidades privadas de servicio público como la UCA y la Upoli y universidades comunitarias como la Bicu y Uraccan, siendo su característica principal que todas recibían financiamiento público.
Respecto a los modelos académicos venidos de la herencia napoleónica y desarrollista, la universidad estatista y popular, mantuvo las viejas estructuras divididas en facultades y decanatos, y como en Francia, en tiempos de Napoleón (1808), se crearon, por primera vez en las universidades públicas nicaragüenses, centros de investigación separados del quehacer profesionalizante de las facultades y las carreras universitarias y se eliminaron los estudios generales, pero se mantuvieron los departamentos académicos.
Hasta 1979, la Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua (Unan) con su sede en León y sus núcleos de Managua y Jinotepe, cumplía su misión en dos escenarios diferentes: en el de la enseñanza de las profesiones y marginalmente en el de la vinculación con sus entornos económicos y sociales, con actividades de extensión y promoción cultural. A partir de la fundación del CNES en 1980, se crearon tanto a nivel central como en todos los Centros de Educación Superior, las direcciones de Investigación y Posgrado, separadas del quehacer profesionalizante de las facultades tradicionales, como una facultad más, con propósitos, planes, programas, personal y presupuesto propios.
Las principales tareas desempeñadas durante el decenio de los años ochenta por las Direcciones de Investigación y Posgrado fueron: la creación de Centros de Investigación especializados, la organización y ejecución de las Jornadas Universitarias de Desarrollo Científico (JUDC) para la promoción de la investigación estudiantil, y la organización y ejecución de Programas de capacitación y formación posgraduada, para la superación profesional del personal docente de las Universidades y Centros de Educación Técnica Superior.
En este orden, entre 1980 y 1989, por primera vez en la historia de la Educación Superior Nicaragüense, se lograba completar la propuesta de José Ortega y Gasset, sobre el modelo funcional universitario integrado por tres funciones a saber: la ampliación del conocimiento (función de investigación); enseñanza de las profesiones (función docente) y conservación y transmisión de la cultura (función de extensión), no obstante, la función principal continuó siendo la enseñanza de las profesiones, igual que lo había sido para la Universidad desde su fundación en 1812. Se perdió así la oportunidad que ofreciera un contexto tan propicio como el de la revolución, para transformar el modelo académico tradicional fincado en la enseñanza, cuando para esos años, ya tenía casi dos siglos de que Wilhelm Von Humboldt propusiera su idea de una educación basada en la búsqueda del conocimiento (investigación) para las Universidades alemanas.
Como parte de estas reformas, en el periodo de los años ochenta, el Gobierno de la Revolución, convirtió a la UNAN- Núcleo de Managua en 1981, en la Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua, UNAN-Managua, como una universidad autónoma separada de la UNAN-León; en 1984 fundó la Universidad Nacional de Ingeniería (UNI) y en 1990 fundó la Universidad Nacional Agraria (UNA).
